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1）污染问题
通常情况下，医药卫生企业对生产原辅料、生产环境和空气等有着严格的要求，无论是工作人员还是生产设备，都有可能携带尘埃颗粒或微生物的污染源，进而污染到药品质量。另外，因为活性微生物粒子生长速度和繁殖速度十分迅猛，且生存能力极强，在短时间内会引起大规模的细菌感染和交叉感染。根据我国相关药品生产要求，医药企业在设计洁净厂房时需深入考虑通过何种方式可以有效控制住微生物污染源。与此同时，医药企业还需保障生产车间的封闭性，在此前提下改善生产环境，提高空气质量，并不断加强对生产设备、工作人员以及原辅料的合理管控。
2）管理问题
根据相关调查发现，一些医药企业无法发挥出洁净厂房洁净功能的主要原因包括三大方面：第一方面，相关工作人员没有按照洁净厂房相关标准进行统一化、规范化管理，从而造成管理松懈的不良局面；第二方面，相关管理人员缺乏对药品生产周边环境的系统管理；第三方面，由于医药洁净厂房布局设计存在不合理之处，没有对隔离药品进行严谨隔离，进而造成药品大面积交叉感染情况，这三方面的原因，不仅会降低企业经济效益和社会效益，还会危害到广大人民的生命安全和身体健康。针对于此，医药企业必须管控好其周边环境和空气，并合理设计室内装修，只有这样，才能良好地解决洁净厂房设计的问题。
2、针对医药洁净厂房设计问题采取的有效措施
1）严格遵循药品生产质量管理原则
要想提高药品生产质量，解决生产污染问题，必须严格遵循药品生产质量管理原则——GMP。执行GMP宗旨，就是要最大程度减少药品生产中的交叉感染与人为差错，从而保障药品质量。要想实现这一工作目标，需保障医药洁净厂房设计重点和GMP宗旨相符。因为医药洁净厂房的环境控制对象主要是微生物和聚微粒，它们会对药品产生直接污染与间接污染，所以，相关工作人员需采取有效的净化措施来铲除这些污染源，可通过建立硬件保障体系来对厂房洁净度进行合理控制，进而起到制约污染传播的良好效果。
2）合理设计空气净化系统
因为医药企业药品生产质量会受到厂房周边环境、生产设备、空气质量、运输环境、原辅料以及储存环境的深远影响，不管是哪个环节产生纰漏都会影响到药品疗效和药品质量，进而为企业带来不良影响，所以，医药企业必须科学设计洁净厂房，并强化对药品生产的有效管理，只有这样，才能提高药品生产质量和生产效率。而在洁净厂房设计的过程中空气净化系统发挥着不可替代的作用。根据国家药品相关规定以及沉降菌、浮游菌和尘埃颗粒等不同微生物含量的空气净化级别划分标准可以得出，不同生产区域设计所应用的空气净化系统和空气净化措施不尽相同。比如，对于药品无菌生产和灌装区等风险较高的操作区域不仅要应用A级空气设计标准，还要保障这些操作区域的空气净化指标数据要达到B级空气设计标准以上；对于风险系数不高的生产区域，其空气净化指数需达到C级或者D级以上的空气设计标准。另外，相关工作人员在有效设计洁净厂房的空气净化系统时，需科学布置回风口方位、排风口方位、建设工艺以及数量等，这样有助于空气净化系统的顺利进行。例如，在容易产生有害物质或有毒物质的厂房内单独安装排风系统，从而保障是生产范围内的空气洁净度与工作人员安全度。除此之外，相关工作人员需根据药品计量标准和种类进行差异化管理和储存，在条件允许的情况下可设计单独生产车间和独栋厂房，这样便可实现净化空气的良好效果。
